یکی از مهمترین و مؤثرترین سازمان های در اختیار حضرت مهدی (ع)، حوزه های علمیه شیعه می باشد که قدمتی در حدود 14 قرن دارد. حوزه های علمیه که بنیانگذار آن امام باقر و امام صادق (ع) بودند در طول چهارده قرن توانستند محل کادر سازی و تولید علم شده و با تربیت اندیشمندان اسلامی در قالب فقها، مفسران، عرفا، متکلمان و مبلغان به ترویج اندیشه های ناب اهل بیت عصمت و طهارت (ع) که همان اسلام حقیقی و ناب است بپردازند. حوزه های علمیه جهان تشیع امروزه از معتبرترین مراکز علمی دنیا محسوب می شود که بی تردید ریاست کل آن با حضرت صاحب الزمان (ع) است و با تدبیر آن جناب اداره می شود. بیننده با دید ظاهری به حوزه های علمیه شیعه، نظام خاصی را در آن مشاهده نمی کند، اما با دیده دقت و تأمل متوجه می شود که دستی از غیب در هر زمانی به مقتضای آن دوران و با تدبیر عالی به اداره و تنظیم امور آن می پردازد. به عنوان مثال مرکزیت حوزه های علمیه در بلاد مختلف در هر عصری از بغداد تا نجف اشرف، جبل عامل، اصفهان، قم و سایر بلاد، حکمت هایی را در پی داشته که با مطالعه تاریخ شیعه و حوزه های علمیه متوجه تدابیر عالیه و نهانی آن خواهیم شد.

احیاء حوزه علمیه شیعه در شهر مقدس قم در قرن 14 و رونق شگفت آور آن در آغاز قرن 15 هم زمان با پیروزی انقلاب اسلامی در ایران و رهبری جهان اسلام و آزادی خواهان جهان با محوریت ایران و ولایت فقیه گوشه ای از این تدبیرها و حکمت ها را مشخص خواهد کرد که علت آن با صراحت در روایات متعدد ذکر شده است.

کادر مرکزی حوزه های علمیه

در رأس حوزه های علمیه جهان تشیع، مرجع تقلید قرار دارد که به عنوان نائب عام حضرت مهدی (ع) انجام وظیفه می نماید. مرجع تقلید کسی است که در هر عصری کانون توجه همه شیعیان و به تبع آن دیگر مسلمانان و حتی غیر مسلمانان قرار می گیرد و فرماندهی ظاهری سازمان شیعه را تحت حمایت فرماندهی باطنی (حضرت مهدی «ع») بر عهده دارد. اولین شخصیتی که بعد از غیبت صغری و با آغاز غیبت کبری این موقعیت استثنایی را عهده دار شد، شیخ مفید (ره) بود که مورد توجه عام و خاص قرار گرفت و حوزه های علمیه شیعه را سر و سامان داد و با برگزاری کلاس های درس و برقراری مباحثات و مناظرات علمی، جهان اسلام آن روز را متوجه قدرت و اقتدار سازمان شیعه نمود.

بعد از ایشان سید مرتضی و شیخ طوسی (ره)، سپس علامه حلی، شهید اول، مقدس اردبیلی، شیخ بهایی و ... در هر زمانی مرکز توجه و عالم صدر اول حوزه های علمیه شیعه بودند. بعد از آن که ارتباط شیعیان سایر بلاد به مرور آسان تر و بیشتر شد بحث مرجعیت اعلم مطرح شد و از زمان شیخ انصاری (ره) این بحث به طور جدی در حوزه های علمیه عنوان شد که قدرت مرکزی در اختیار یک شخصیت جامع، عالم، با تقوا قرار گیرد و بقیه مراجع و علمای صدر اول به عنوان بازوان قدرتمند او ایفای نقش نمایند. اولین نمود آن، مرجعیت عظمای میرزای شیرازی در فتوای تحریم تنباکو بود که جهان را متوجه کانون مرکزی و قدرت واقتدار شیعه ساخت. بنابراین بعد از مرجع اعلم، سایر مراجع، سپس مجتهدین و علمای طراز اول و بعد از آن سایر روحانیون، اساتید و طلاب و مبلغان، نظام حوزه های علمیه شیعه را تشکیل می دهند که به ترویج دین مبین اسلام با محوریت قرآن و ائمه هدی (ع) پرداخته و از راه بیان عقاید، احکام و اخلاق و تدوین کتب متعدد در این زمینه همراه با تولید علم به گسترش اسلام در جهان می پردازند.