پس از آن که مجلس خبرگان در زمان حیات اما خمینی (ره) شخص دیگری را به عنوان قائم مقام و جانشین ایشان معرفی نمود.آیت الله بهاء الدینی که از این موضوع مطلع شدند با لبخند ملیح و تأمل اندیشمندانه ای فرمودند: «ما این طور نمی بینیم. چون خدا نمی خواهد. هر چند بعضی تلاش کنند، خیال می کنند می توانند برای شیعه از جانب خود رهبر و مرجع درست کنند. و بعد ادامه دادند: در زمان سید ابوالحسن اصفهانی برای مرجعیت بعد از ایشان، تبلیغ زیادی برای میرزا محمد حسین اصفهانی (کمپانی) کردند. ولی از آنجا که خدا نمی خواست، میرزا محمد حسین اصفهانی پنج سال قبل از سید ابوالحسن اصفهانی رحلت کرد و سید ابوالحسن اصفهانی بر او نماز خواند. بعد فرمودند: البته هیچ کس حاج آقا روح الله نمی شود ولی آقای خامنه ای هم از همه به امام نزدیک تر است. کسی که ما به او امیدواریم آقای خامنه ای است. شما از ما قبول نمی کنید و تعجب می کنید. ولی این دید ماست و برای ما قطعی است سید علی خامنه ای.»

سال ها بعد وقتی که آیت الله خامنه ای بعد از رحلت امام خمینی (ره) به عنوان رهبر معرفی شدند خدمت ایشان رفته و این خبر را به ایشان اطلاع دادند. ایشان فرمودند: «ما مدت ها پیش به این مطلب رسیده بودیم و باید به ایشان کمک کرد تا تنها نباشد.» [1]