یکی از امتیازات حوزه های علمیه شیعه آن است که اعتبار مالی آن به طور مستقیم از بودجه حضرت ولی عصر (ع) یعنی خمس تامین می شود و این مسئله مهم در طول تاریخ شیعه توانسته است حوزه های علمیه آقا امام زمان (ع) را از وابستگی به پادشاهان و سلاطین و دولت های جور محفوظ نگاه دارد و آنان را تنها، وامدار حضرت بقیه الله الاعظم روحی و ارواح العالمین لتراب مقدمه الفداء گرداند تا خالصانه در راه دین قدم بر دارند. اهمیت و ضرورت این مسئله هنگامی مشخص می شود که حوزه های علمیه شیعه و علمای ربانی آن را با مدارس علمیه ادیان و مذاهب دیگر و علمای آنان مقایسه کنیم. گذشته از هزاران امتیاز و برتری که علمای ربانی شیعه نسبت به علمای ادیان و مذاهب دیگر دارند، استقلال فکری و استقامت در رأی و نظر است که مرهون استقلال مالی حوزه های علمیه شیعه می باشد. زیرا وابستگی مالی، در شرایط حساس آثار خود را نمایان می سازد. نمونه بارز آن فتوای علمای وهابی در حرمت حمایت از مسلمانان مظلوم غزه و دفاع از سیاست های آمریکا و صهیونیسم می باشد که در اثر وابستگی به سفره نفتی پادشاهان سعودی صادر شد.