اما با آغاز غیبت صغری، حضرت مهدی (ع) بلافاصله با تشکیل حلقه های پنهان و با عنایت الهی توانستند سازمان شیعه را سر و سامان بخشیده و مخفیانه مدیریت آن را به دست با کفایت و پر توان خویش عهده دار شوند. اولین مرحله و اولین حلقه مدیریتی آن حضرت، نائبان خاص بودند که توانستند توسط آنها با علما و دانشمندان شیعه ارتباط برقرار کرده و به وسیله علمای شیعه با عموم شیعیان و مردم دیگر مرتبط شوند.

اولین اقدام عملی حضرت مهدی (ع) تعیین نمایندگان خاص خود و صدور حکم وکالت برای آنان بود که نقش مؤثر و مفیدی در سازماندهی زیرزمینی وکالت را به عهده داشت. سپس ریاست وکلای امام حسن عسکری (ع) را داشت و در آخر، نائب خاص امام زمان (ع) شد. بعد از او فرزندش «ابوجعفر محمد بن عثمان» افتخار نیابت ویژه امام زمان (ع) را حدود چهل سال عهده دار شد. در سال 305 هجری قمری محمد بن عثمان، به فرمان امام زمان (ع) سومین نائب و برگزیده حضرت، «ابوالقاسم حسین بن روح نوبختی» را معرفی نمود که این نیابت مدت 21 سال به طول انجامید. سپس «ابوالحسن علی بن محمد سمری» به عنوان آخرین نائب حضرت مهدی (ع) معرفی شد. در میان نائبان خاص که حدود 70 سال پر از مشکلات و سختی ها، نیابت و جانشینی حضرت مهدی (ع) را عهده دار بودند:

عثمان بن سعید مقام بسیار والا و ارجمندی را نزد شیعیان بلکه نزد امامان معصوم (ع) از امام جواد (ع) تا امام زمان (ع) داشت.

محمد بن عثمان بیشترین دوران نیابت و جانشینی را عهده دار شد.

حسین بن روح مهمترین موقعیت اجتماعی و بالاترین جایگاه را داشت و توانست در بین مقامات حکومتی نفوذ کند. و به همین علت شیعیان از آزادی بیشتری برخوردار شدند.

و آخرین نائب امام زمان (ع) علی بن محمد سمری نقش آماده کردن شیعیان برای آغاز غیبت کبری را به عهده داشت. نائبان خاص به طور کاملاً مخفی و محرمانه به خدمت مشغول بودند. تا جایی که عثمان بن سعید با آن مقام و جایگاه ویژه و بالا به منظور استتار در فعالیت های سیاسی مذهبی به شغل روغن فروشی روی آورد و حتی نام مستعار هم برای او نقل شده است. نائبان خاص حضرت مهدی (ع) در برخی مواقع به منظور صحت ادعای خویش مجبور می شدند کشف و کراماتی از خود بروز دهند تا اعتقاد و اعتماد شیعیان به آنها زیاد شود. از دیگر ویژگی های آنان، تقیه و رازداری در حد بالا، درایت و عقل و فهم و بصیرت فراوان، صبر و مقاومت بسیار عالی و ممتاز، رفتار و کردار کاملاً عادی و معمولی بود، به نحوی که دستگاه ظالم عباسی هیچگونه حساسیتی نسبت به آنها پیدا نکرد.