مستند مسجد جمكران قضيه اي است كه مرحوم حاجي نوري در كتاب « نجم الثاقب »و« جنّت المأوي»و«الكلمه الطّيبه»و نيز ميرزا محمبد تقي ارباب قمي در كتاب « تاريخ دار الايمان» و ديگران ازكتاب «تاريخ قم» تأليف حسن بن محمد بن حسن قمي ، به نقل از كتاب «مونس الحزين» محمّد بن بابويه معروف به شيخ صدوق نقل كرده اند .
اين نقل مشتمل بر قضيّه اي از حسن بن مثله جمكراني رحمه الله است كه در آن اشاره به ملاقاتي شده كه او در سال 293 هجري در بيداري با امام زمان (ع) داشته است . در اين ديدار حضرت به او دستور مي دهد كه با عالم جليل القدر سيد ابي الحسن الرضا از علماي قم ارتباط پيدا كرده و با كمك او مسجدي را در اين مكان موجود بنا نمايند ... .
قابل توجّه اينكه كتاب « انوار المشعشعين» از كتاب « تاريخ قم » و او نيز از كتاب « مونس الحزين» از امير المؤمنين (ع) قضية به اهتزاز در آمدن پرچم امام زمان (ع) از مسجد جمكران را نقل كرده است .