سید علی محمد، در چند جای تفسیر سوره کوثر به وجود امام غائب اعتراف نموده آثار و علائمش را نوشته است:


در یک جا می نویسد: «در وجود امام غائب شکی نیست. زیرا اگر او وجود نداشته باشد دیگری هم وجود نخواهد داشت و امرش مانند خورشید آسمان، روشن است. زیرا لازمۀ شک در جودش انکار قدرت خداست و هر کس در وجود خدا شک کند کافر است. تا اینکه می نویسد – اما نزد مسلمین و مؤمنین فرقه دوازده امامی، روز ولادتش اثبات شده است – روح من و هر کس در ملکوت امر و خلق وجود دارد فدای آنجناب گردد و غیبت صغرای او و معجزات آن ایام و علامات سفیرانش نیز برایشان به اثبات رسیده است.»
در جای دیگر همان کتاب نوشته است: «او خلف صالح است. کنیه اش ابوالقاسم می باشد و اوست قائم بامرالله و حجت بر خلق خدا و باقیمانده آل الله و مهدی که مردم را به امور مخفی هدایت می نماید. ولی من دوست ندارم که نامش را ببرم مگر به همان جور که امام از وی نام برده است یعنی م ح م د، و نصوصی در این باره از ناحیه مقدسه صادر شده است. خود امام در توقیع شریف فرموده: «هر کس در مجمع عمومی مرا نام ببرد لعنت خدا بر او باد.»


در جای دیگر همان کتاب نوشته است: «برای حضرت ولی عصر دو غیبت است. غیبت صغری و کلاء و نواب مورد اعتماد و مقربی داشته است. ایام غیبت صغری، هفتاد و چهار سال و چند روزی طول کشید. نواب آنجناب (روحی فداء) عبارتند از عثمان بن سعید عمری و فرزندش محمد بن عثمان و حسین بن روح و علی بن محمد سمری».


در جای دیگر می نویسد: «روزی در مسجد الحرام، در جانب رکن یمانی مشغول نماز بودم، جوان فربه و زیبایی را دیدم که با کمال خضوع مشغول طواف بود و عمامۀ سفیدی بر سر و عبای پشمی در برداشت و بهیئت تجار فارس بود. بین من و او چند قدمی بیش فاصله نبود، ناگهان به خیال من خطور کرد که شاید صاحب الامر باشد اما خجالت کشیدم نزدیکش بروم. وقتی از نماز فارغ شدم او را ندیدم، لیکن در عین حال، یقین ندارم که او صاحب الامر بوده است.»