با توجه به خفقان شدید و انزوای کامل و حیرت شیعیان در آغاز غیبت صغری، با مدیریت و نظارت مستقیم آقا امام زمان (ع) و ارتباط غیر مسقیم با علمای شیعه از طریق نائبان خاص، سازمان شیعه توانست در طول این 70 سال در وضعیت بسیار مناسبی قرار گرفته و پایگاه فکری و فرهنگی خود را رونق بخشید و علمای بزرگی در این دوران فرصت یافتند میراث شیعه را از خطر محو و نابودی محافظت نمایند. کتاب های مهمی مانند اصول کافی، فروع و روضه کافی، بصائر الدرجات، محاسن برقی، تفسیر عیاشی و فرات کوفی، قرب الاسناد و ... در این دوران به رشته تحریر درآمد و حوزه های علمیه قم و نجف رونق خوبی پیدا کرد. همچنین وضعیت سیاسی و اجتماعی شیعیان در مقاطعی خارج از قلمرو حکومت عباسیان موقعیت مناسب تری یافت.
