مخفي نماند که نسخ صحيفه کامله به حسب ترتيب و مقدار و کلمات اختلاف بسياري دارد و آنچه معروف است از آن، سه نسخه است: يکي نسخه متداوله مشهوره که منتهي مي شود به نسخه مجلسي اول و شيخ بهايي که مطابق است با نسخه شمس الدين محمد بن علي جباعي جد شيخ بهائي، صاحب کرامات به ترتيبي که گذشت و در حکايت آينده خواهد آمد.
دوم نسخه شيخ فقيه ابو الحسن محمد بن احمد بن علي بن حسن بن شاذان معروف به ابن شاذان، معاصر شيخ مفيد، صاحب کتاب ايضاح، دفائن النواصب، که در آن صد منقبت است و مشهور است بماه منقبه.
سوم نسخه ابوعلي حسن بن ابي الحسن محمد بن اسمعيل بن محمد بن اشناس بزاز، صاحب کتاب عمل ذي الحجة، معاصر شيخ طوسي بلکه از مشايخ او. و غير از اين سه نسخه نيز، نسخ ديگرهست به اسانيد مختلفه که جناب فاضل ميرزا عبد الله اصفهاني در اول صحيفه ثالثه به آنها اشاره نموده و مطابق ديباچه نسخه صحيفه مشهوره نيست و يک دعا از اصل ساقط شده که غالب آن در ساير نسخ موجود و در صحيفه ثالثه مضبوط شده هر که خواهد به آن رجوع نمايد.
