حسین بن روح از سال انتصاب خود به مقام نیابت تا اوان وزرات حامد بن العباس (از جمادی الاخری سال 306 تا مه ربیع الاخر سال 311) به حرمت تمام در بغداد می زیست و منزل او محل رفت و آمد امرا و اعیان و وزرای معزول بود. مخصوصاً چون خاندان فرات چنانکه گفتیم به شخص او به نظر احترام می نگریستند و او از پیروان مذهب امامی محسوب می شدند تا این خاندان روی کار بودند و وزارت المقتدر بالله و مشاغل عمده دولتی دیگر را در دست داشتند کسی مزاحم حسین بن روح و اصحاب او نمی شد و شیعیان از اطراف اموالی را که به رساندن آنها ملزم بودند به خدمت او می آوردند ولی همین که آل فرات به دست حامد بن العباس و طرفداران او از کار افتادند و وزیر جدید به حبس و بند و مصادره آل فرات و بستگان ایشان قیام کرد بین او و حسین بن روح نیز وقایع سختی واقع شد که جریان تفصیلی آنها درست به ما نرسیده و باید گفت که تاریخ هم در این موضوع روشن نیست و فقط این امر از تاریخ روشن می شود که حسین بن روح در سال 312 به علت مالی که دیوان از ا مطالبه می کرده است خودداری نمود و به حبس رفت و تا ذی الحجه سال 312 در دستگاه، خلیفه محبوس بود (الغیبه صفحه 200). و بعد از خلاص از حبس باز در بغداد به همان عزت و احترام سابق به اداره امور دینی شیعه مشغول شد و شیعیان اموالی را که به عهده داشتند به او می رسانیدند.

و چون در این دوره چند نفر از آل نوبخت مانند: اسحاق بن اسماعیل، ابوالحسن علی بن عباس، ابوعبدالله حسین علی نوبختی و ... در دربار خلفا و امرای لشکری مقام های مهم داشتند دیگر کسی نمی توانست چندان اسباب زحمت ابوالقاسم حسین بن روح را فراهم آورد.