بعد از آنکه لعن شلمغانی بر دست حسین بن روح صادر گردید امامیه بغداد از او دوری جستند و همه حکایت لعن او را در مجالس و محافل نقل می کردند.

مقارن واقعه قتل شلمغانی موقعی که رؤسای شیعه در خانه ابوعلی بن مقله وزیر جمع بودند و لعن او را از جانب حسین بن روح نقل می کردند راضی خلیفه دستور داد تا شلمغانی را دستگیر کنند. اما دستگیری وی به سهولت ممکن نشد. زیرا ابوعلی بن مقله مدتی به امر خلیفه در پی شلمغانی می گشت و او پنهان می زیست و از نقطه ای به نقطه دیگر می گریخت عمال وزیر و خلیفه به جلب او موفق نمی شدند تا آنکه بالاخره در شوال 322 بر او دست یافتند و ابن مقله او را محبوس ساخت و خانه او را جست و از پیروان مهم او مثل حسین بن قاسم بن عبدالله و ابراهیم بن محمد بن ابی عون و ابن شبیب زیارت و احمد بن محمد بن عبدوس در آنجا مراسلاتی یافت که همه او را به خطاب هایی که لایق شأن خداوند است خوانده بودند در محضر خلیفه آن خطوط را به مردم نشان دادند و صحت آنها به اثبات رسید و شلمغانی نیز اقرار کرد که این خطوط از پیروان اوست. خلیفه احمد بن محمد بن عبدوس و ابراهیم بن بی عون را نیز در حضور شلمغانی خواست و امر داد که خداوند خود را به سیلی بزنند آنان خودداری کردند. چون خلیفه آنان را به این حرکت مجبور ساخت احمد بن محمد بن عبدوس او را به سیلی زد. ولی ابراهیم بن ابی عون خودداری کرد.

شلمغانی و طرفداران او را به امر خلیفه در حضور قضاه و فقها و کتاب و رؤسای لشکری چند بار محاکمه کردند عاقبت حکم قتل او را به اتفاق آرا تصویب و صادر کردند.

خلیفه دستور داد که در سه شنبه 29 ذی القعده سال 322 شلمغانی و ابن ابی عون را به ضرب شلاق زدند بعد گردن ایشان را برداشتند و جسد آنان را به دار آویختند و آخر از همه نعش آن دو نفر را سوزانده و خاکستر آن را به آب دجله داد. (معجم الادباء جلد 1 – ص 297 و الفرق بین الفرق ص 250) [1] عاقبت شلمغانی و قتل و سوزاندن جسد و ریختن خاکستر او در دجله بغداد و نیز متن توقیع صادره در لعن او در کتاب بحار علامه مجلسی (ره) جلد 13 صفحه 315 چاپ مطبعه اسلامیه تهران سال 1353 هجری ترجمه ارومی نیز آمده که ترجمه آن نقل گردید.