پس از انتقال امامت به آن حضرت و خواندن نماز بر جنازه‏ي پدر بزرگوارش در اثر تعقيب کردن محمد عباسي براي دستگير کردن وي غيبت فرمود حتي بر خواص هم رسما ظاهر نمي‏شد اما نائب خاص براي خود انتخاب فرمود تا مرجع شيعيان باشد حوائج و سؤالات خود را به وسيله‏ي او به آن حضرت برسانند و دريافت جواب کنند.
و خود گاه گاه مخفيانه بر نائب خاص ظاهر مي‏شد و دستورات خاصه مي‏داد و سؤالات دوستان را توقيع مي‏فرمود و بسياري از اوقات بر نائب هم ظاهر نمي‏شد و کتبا يا به وجه ديگر به روي القاء مي‏فرمود تا اينکه بر همين منوال چار نائب هر يک پس از ديگري تعيين فرمود و بعد از آن غيبت صغري مبدل به غيبت کبري گرديد و امر مراجعه‏ي شيعه محول به عموم فقهاي جامع الشرائط شد و از اين جهت آن چهار نائب را نائب خاص گفتند زيرا که نيابت ايشان به طور خصوصي يعني به نصب خاص و تعيين خاص آن حضرت بود، و فقهاي عظام را نائب عام گفتند زيرا که نيابت ايشان را به طور کلي امضاء فرموده چنانچه در توقيع اسحق بن يعقوب که بر دست نائب دوم فرمود:
و أما الحوادث الواقعة فارجعوا فيها الي رواة شيعتنا (حديثنا خ ل) فانهم حجتي عليکم و انا حجة الله.
اما حادثه‏ها و اموري که بر شما رخ مي‏دهد در آنها مراجعه کنيد براويان احاديث ما زيرا که ايشان حجت منند بر شما و من حجت خدايم و حضرت صادق عليه‏السلام فرمود:
و أما من کان من الفقهاء صائنا لنفسه حافظا لدينه مخالفا لهاه مطيعا لأمر موالاه فللعو ام ان يقلدوه.
هر کس از فقهاء نفس خود را از معاصي و محرمات نگهداري کند و دين خود را حفظ نمايد و مخالف هواي خود و فرمانبر مولاي خود باشد پس براي عوام رواست که او را تقليد کنند. [1]
غيبت صغري بر غيبت کبري دو امتياز دارد يکي آنکه مدت او کوتاه که مجموعا هفتاد سال تقريبا مي‏شود و مدت اين دراز و هنوز غير معلوم است دوم آنکه در دوران غيبت صغري چون نائب خاص وجود داشت مراجعه‏ي مردم به خود امام عليه‏السلام تا حدي سهل بود زيرا که اگر از فيض مشاهده‏ي حضوري محروم بودند از فيض مراجعه‏ي کتبي به وسيله‏ي نائب خاص محروم نبودند، حوائج و سوالات خود را از خود امام عليه‏السلام شخصا مي‏توانستند استعلام کنند و اين فيض نيز در غيبت کبري برداشته شد يعني از هر دو فيض محروم گشتند پس اين غيبت از دو جهت کبري و بزرگتر است هم از جهت طول مدت و هم از جهت دو محروميت [2]